V dobách husitských i v Líšni husitismus se zakořenil. V 16. století zavládl tu vinou protestantských pánů z Líšně protestantismus, a protestanté opanovali Líšeň úplně, která přifařena byla pak ku katolické faře do Šlapanic do r.1630, kdy majitelka panství Eliška, svobodná paní Bergrová, roz. Kumrovna, zřídila v Líšni faru katolickou. V dekretu o zřízení fary z 19. listopadu 1630 stojí: „Když urozená paní Alžběta Bergrová, rozená Kumerová, paní v Líšni a Sokolnicích, v jmenované osadě Líšeň, dříve od kacířských pánů držené, kacířství horlivostí a pilností vykořenila, kostel, který v držení měli a svými kazateli administrovali, ku katolické víře vrátila, nás pak, biskupa toho místa, prosila, aby netoliko zřízena byla fara, ale i nadaci k vydržování faráře dole vypsanou dáti se uvolila, což my mocí naší milostivě potvrzujeme. Kardinál Dietrichstein, biskup v Olomouci“.

Dle matriky z r. 1649 administrovali faru líšeňskou kněží z kláštera zábrdovického. R. 1665 farář Matyáš Ližovský zároveň i s farářem telnickým. R. 1695 byly Telnice odděleny od fary Líšně. Za sedmého faráře líšeňského byla Slatina, která dosud patřila k faře šlapanské, r. 1715 11. července přifařena k Líšni. Pak je již nepřetržitá řada farářů líšeňských, celkem 18 farářů do roku 1914.

Líšeň trpěla zvláště za francouzských válek r. 1805, jak vypisuje farář Václav Toms. Zvláště r. 1814 po bitvě u Drážďan transportováni byli zajatí Francouzi také přes Líšeň, ti přinesli sem zimnici a celé městečko nakazili, takže jednoho dne musel v Líšni 28krát a v Slatině 7krát zaopatřovat, poněvadž tu nebylo kaplana. Roku 1831 vypukla cholera, 900 farníků bylo zaopatřeno a 216 zemřelo. Roku 1836 na choleru zemřelo 120 farníků.

Roku 1809 bylo v kostele všechno vykradeno od bavorských vojáků tudy táhnoucích: kalichy, monstrance, roucha bohoslužebná v ceně 1400 zlatých. Farnost líšeňská patřila k děkanátu modřickému. Od r. 1777, když biskupství bylo zřízeno, připojeno k děkanství pozořickému, od r. 1784 zase k modřickému, později teprve k děkanství brněnskému.

V letech 1794 – 1796 postižena byla Líšeň častým ohněm, takže shořela v těch letech celá. R. 1794 13. května vyhořelo 11 sedláků a 20 čtvrtníků a mnoho domkářů, kostel i fara. Na věži 4 zvony a hodiny přišly v zkázu.

Zvláště věž kostela, která byla vysoká, že ji bylo daleko viděti. R. 1795 šestkrát hořelo, roku 1796 shořela ulice Dlouhá, 30. května toho roku 51 domků na Budíně a Zahradě. Roku 1797 vyžádala si obec od nejdůstojnějšího biskupa povolení ku slibné pouti do Tuřan.

Od r. 1797 až do r. 1823 nebylo v Líšni kaplana. Teprve kontraktem obce 10. srpna 1823 uvolila se obec Líšeň a Slatina vydržovati kaplana. Z každého domu měl dostati 20 kr. c. m. Kaplan zůstával v městečku mimo faru. Teprve r. 1833 postavena byla kaplánka ve faře na dvoře.

Škola bývala jednotřídní na různých místech, později v nynější radnici. Pak dvojtřídní zřízena byla v bývalé palírně. R. 1863 žádal tehdejší hrabě Jeho Exc. Egbert Belcredi mateřinec milosrdných sester v Praze o zřízení kláštera v Líšni. Daroval dva půllány jako fundaci kláštera. Mateřinec pak vystavěl klášter svým nákladem 30.000 zl.. Jeho Exc. pan hrabě ochotně pomáhal ve stavbě. Klášter založen původně pro 3 milosrdné sestry k opatrování nemocných a chudých. Však již r. 1867 dána do kláštera škola: chlapci i děvčata. Když pak počet dítek rostl, byla rozdělena a chlapci chodili do školy v palírně. Pak postavena nová škola v Belcrediho ulici r. 1896. Nyní je tu šestitřídní chlapecká s 2 pobočkami a 6třídní dívčí s 1 pobočkou v klášteře. Ve Slatině 4třídní s 1 pobočkou.

Kostel farní byl malý, slohu dříve gotického, a nestačil pro přibývající počet farníků. Proto r. 1895 přičiněním faráře Methoda Hoška sbírkami, které podnikl, rozšířen o celou dřívější délku v témž slohu, jak byl. Je v něm 5 oltářů. Hřbitov je rozsáhlý na kraji městečka, pěkně uspořádaný a osázený lípami a jasany. Farníci pečují o hřbitov horlivě a krásné kříže i pomníky tu byly postaveny.

Páni na Líšni často se měnili, velkostatek přecházel z ruky do ruky jiných pánů. Z posledních byl ještě nejstarším pamětníkům znám baron Freinfels, který roku 1823 ustanovil dědicem panství hraběte z Belcredi a od té doby v rodině té velkostatek je.

Dej Bůh, aby obyvatelé Líšně jak dosud i budoucně zachovali si horlivost ve víře, důvěru v Boha pevnou, a lásku k víře, jak ji osvědčili zvláště vystavěním kostelíčka Panně Marii Líšeňské.

Matko Boží, Panno Maria, opatruj, prosíme, s vrchu Kostelíčka městečko naše, chraň od neštěstí, přispěj ku pomoci nám i budoucím. Ochraňuj farnost naši od všelikého zla. Zdrávas Maria!